FlowLayoutPanel内のコントロールの間隔を設定するには、各コントロールのMarginプロパティを設定します。
Public Class FlowLayoutPanelForm
Private Sub FlowLayoutPanelForm_Load(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles MyBase.Load
Button1.Margin = New Padding(3)
Button2.Margin = New Padding(6)
Button3.Margin = New Padding(9)
Button4.Margin = New Padding(12)
End Sub
End Class